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PAICS

Parallelized ab initio Calculation System based on FMO


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< コードの修正情報 >
PAICSのコードの修正情報を報告します。バグの内容、修正の方法などを掲載しますので、必要に応じて対応して下さい。

No.003 ( 2011.05.13 ) * アップデート : 2011.05.13
「 coord_unit 1 」 とし 「 ATOM 」 キーワードで原子の座標を指定した場合、プログラムが異常終了するという報告を頂きました。これは、オングストロームをボーアに変換する際、基底関数の座標に関して変換定数を2回掛けるバグであることが判明しました。対処法は以下の通りです。
  1. 修正したソースコード ( read_atom.c )をダウンロードする。
  2. これを、PAICS のルートディレクトリにある src/input/ の下にコピーする ( 上書きされます )。
  3. PAICS のルートディレクトリにある make.sh を起動し再コンパイルする。
「 coord_unit 1 」 は原子座標をオングストロームで記述する場合に指定するキーワードです。使用する頻度が高い思いますので、対応のほう、よろしくお願い致します。( PaicsViewで入力ファイルを作成した場合、座標はボーアで記述されますので、問題ありません。開発者は、いつもPaicsViewを使用しているため、このバグに気づきませんでした。。。)

( 2011.05.13 )

午前中にアップしたソースコードに問題がありました。現在、アップされているソースコードは大丈夫だと思います。

* 2011.05.13 以降にユーザー登録された方には、修正済みのソースコードが配布されます。

No.002 ( 2011.03.09 ) * アップデート : 2011.03.10
Intel 以外のコンパイラ( gcc および PGI )でビルドした場合、配布時に添付されるテスト計算が実行できないという報告を頂きました。現在、確認できる環境がありませんので、修正にはしばらく時間が掛かるかもしれません(恐らく、LAPACKとのインターフェース関連だと思います)。状況が分かり次第、ホームページにてお知らせ致します(同じ現象を確認された方はご連絡いただけると幸いです)。

( 2011.03.10 )

上の報告に関しては、RI-MP2のコードの中のdgemmを呼び出している部分の問題であることが分かりました。よって、応急処置的ですが、この部分をループで書き直せば解決します(もちろん計算は遅くなりますが、致命的というほどではありません)。もし、dgemm部分で問題が発生している場合は、以下の手順を試して見て下さい。
  1. ループで記述されたソースコード ( ri_cmp2.c )をダウンロードする。
  2. これらを、PAICS のルートディレクトリの下にある src/ri_cmp2/ の下にコピーする ( 上書きされます )。
  3. PAICS のルートディレクトリにある make.sh を起動し再コンパイルする。
問題がある場合のみ、上の手続きを行って下さい(問題が無いのにこの作業を行うとdgemmを使わない分、計算が遅くなります)。

No.001 ( 2011.03.04 )
基底関数に cc-pVQZ を選択すると異常終了することが確認されました。対処法は以下の通りです。
  1. 修正済みのソースコード ( auto_set_basis_aux.cbasis_define_assign.c ) をダウンロードする。
  2. これらを、PAICS のルートディレクトリの下にある src/paics/ の下にコピーする ( 古いソースコードが上書きされます )。
  3. PAICS のルートディレクトリにある make.sh を起動し再コンパイルする。
  4. cc-pVQZ を用いた水の4量体のサンプル ( 入力 : h2o-4-ccpvqz.inp.dat、出力 : h2o-4-ccpvqz.out.dat ) を試して、正しく動作することを確認する ( 結構、時間が掛かります ) 。
cc-pVQZ を使用しない場合、このバグは問題ありません。また、PAICSに実装されている分子積分は g 関数までなので、cc-pVQZを使用した場合、RI-MP2計算は実行できません( RI近似の補助基底には1つ上の角運動量の基底が含まれているため )。

* 2011.03.04 以降にユーザー登録された方には、修正済みのソースコードが配布されます。